Setelah peristiwa pada Blue Dragon S1, Shu dan Bouquet bergabung dengan kelompok perlawanan untuk melawan pasukan invasi Jenderal Rogi. Mereka bertemu dengan seorang anak misterius, Noi, yang memiliki kekuatan untuk menghidupkan kembali bayangan Naga Biru, dan menyelamatkannya dari bayangan Shu. mengejar naga merah. Kini Shu dan kawan-kawannya harus menginjakkan kaki sekali lagi dalam perjalanan untuk menemukan tujuan para naga, menjalani ujian dan menghentikan rangkaian peristiwa yang mengancam nasib umat manusia.